Dân tộc Yaghan định cư trên các hòn đảo dọc theo eo biển Murray khoảng 10.000 năm trước. Có những địa điểm khảo cổ đáng chú ý cho thấy có các khu định cư Yaghan sớm như vậy tại các địa điểm như Bahia Wulaia trên đảo Navarino, địa điểm các bãi thải hình vòm Bahia Wulaia.[7]

Eo biển được đặt theo tên của tàu HMS Beagle trong chuyến khảo sát thủy văn đầu tiên của nó về bờ biển phía nam của Nam Mỹ, kéo dài từ năm 1826 đến năm 1830. Trong chuyến thám hiểm đó, dưới sự chỉ huy chung của Chỉ huy Phillip Parker King, thuyền trưởng của Beagle là Pringle Stokes tự sát và được thay thế bởi Robert FitzRoy. Con tàu tiếp tục cuộc khảo sát trong chuyến hành trình thứ hai dưới sự chỉ huy của thuyền trưởng FitzRoy, ông đưa Charles Darwin đi cùng, tạo cơ hội cho một nhà tự nhiên học nghiệp dư. Darwin lần đầu tiên nhìn thấy sông băng khi họ đến eo biển này vào ngày 29 tháng 1 năm 1833, và viết trong sổ ghi chép thực địa của mình "Khó có thể tưởng tượng được thứ gì đẹp hơn màu xanh giống như beryl của những sông băng này, và đặc biệt là tương phản với màu trắng chết chóc của dải tuyết phía trên."[8][9]

Một số đảo nhỏ (Picton, Lennox và Nueva) cho đến Cape Horn là chủ đề của cuộc xung đột Beagle kéo dài giữa Chile và Argentina; theo các điều khoản của Hiệp ước Hòa bình và Hữu nghị năm 1984 giữa Chile và Argentina, chúng hiện là một phần của Chile.[4] Từ những năm 1950 đến 1970, một số sự cố liên quan đến hải quân Chile và Argentina đã xảy ra ở vùng biển của eo biển Beagle, ví dụ như sự cố Snipe năm 1958, sự cố Cruz del Sur năm 1967 và vụ pháo kích Quidora cùng năm.

Là một họa sĩ trên tàu, Conrad Martens đã vẽ và tạo ra những bức tranh màu nước vào năm 1833 và 1834 trong chuyến đi thứ hai của HMS Beagle ở ​​Tierra del Fuego.[10][11]